Šilutės dvaro komplekso prikėlimu pradėta rūpintis po Lietuvos nepriklausomybės atkūrimo. Šilutės rajono savivaldybės dėka, minint Šilutės muziejaus įkūrimo 50-metį 1999 m., buvo restauruotas dvaro malkinės pastatas, kuriame įsikūrė medžio ir popieriaus restauratoriai.

2001 m. buvo atnaujintas centrinių dvaro rūmų pagrindinis fasadas bei savo veiklą, viename renovuotame dvaro rūmų kambaryje (žemesnėje dvaro dalyje), pradėjo Šilutės muziejaus informacijos centras. 2002 m. į dar dvi restauruotas patalpas perkeltas muziejaus archyvas – biblioteka. 2004 m. baigus restauruoti žemąją dvaro dalį į ją persikėlė Šilutės muziejaus administracija.

Tolimesniam dvaro komplekso ir teritorijos sutvarkymui bei pritaikymui viešiems turizmo poreikiams buvo pasitelkti Europos sąjungos struktūriniai fondai (Lietuva tapo Europos Sąjungos nare 2004 m. gegužės 1 d.). Atnaujinimai vyko dviem etapais:

Pirmuoju etapu 2012-03-27 – 2014-08 buvo renovuoti dvaro komplekso pastatai ir aplinka. 2015 m. perkėlus muziejaus kolekcijas į dvarą pasikeitė muziejaus pavadinimas. 2015 m. balandžio 9 d. pervadintas į „Šilutės Hugo Šojaus muziejus“. Dar 1929 m. į pasiūlymą perduoti dvaro kolekciją steigiamam Tautos muziejui Kaune, H. Šojus yra raštu atsakęs, jog jo muziejus neįsivaizduojamas be dvaro. Taigi muziejaus grįžimas į dvaro rūmus yra logiškas muziejaus kūrimo užbaigimas.

Muziejus visuomenei atidarytas 2015 m. gegužės 30 d. Šilutės miesto šventės metu. Tačiau tuo metu muziejuje veikė tik trumpalaikės parodos. Ekspozicijos palaipsniui įrengtos ir pristatytos 2016 m. rugsėjo 27 d.

Antruoju etapu 2018-2023 m. parengtas šiuolaikinius reikalavimus atitinkantis muziejaus ekspozicijų koncepcijos ir vidaus dizaino techninis projektas, kuriuo remiantis įsigyti ekspoziciniai baldai ir įranga. Taip pat nupirkta reikalinga įranga restauracinei veiklai vykdyti.