Šilutės Hugo Šojaus muziejaus įkūrimo pradžią reikėtų sieti su 1889 m., kuomet Šilokarčemos dvarą įsigijo Hugo Šojus (H. Scheu, 1845-1937 m.).

Iš pradžių dvarininkas surinktas muziejines vertybes perduodavo Karaliaučiaus, Įsručio muziejams, vėliau – įvairias antikvarines vertybes ir iškasenas ėmė kaupti pats. XIX a. pabaigoje Šilutės dvaro rūmų dviejuose kambariuose įkūrė privatų muziejų, kuriame buvo sukaupta ir eksponuojama lituanistikos, etnografijos ir archeologijos kolekcija.

Šojus mielai priimdavo ekskursijas ir atskirus lankytojus, kurie domėdavosi šio krašto praeitimi, viską parodydavo ir paaiškindavo. Tai buvo įrodymas, kad jis rinkinius laikė ne savo malonumui, o mokslui ir visuomenei.

 Dvarininko sukurtas muziejus per visą savo egzistavimo laiką išliko itin vertinamas specialistų, dažnai pabrėžiant, kad jame būta tokių eksponatų, kurių neturėjo nė vienas kitas Lietuvos muziejus.