1906 m. paskirtas Kauno kunigų seminarijos profesoriumi, tų pačių metų rudenį gavo pirmąsias pareigas Žemaičių vyskupijos kurijoje. 1912 m. tapo vyskupo Gasparo Felikso Cirtauto sekretoriumi, o po vyskupo mirties toliau tęsė darbus su naujuoju vyskupu Pranciškumi Karevičiumi.

        1917 m. rugsėjo 18-22 d. Vilniuje surengtoje Lietuvių konferencijoje K. S. Šaulys išrinktas į Lietuvos Tarybą. 1918 m. vasario 16 d. kartu su kitais Lietuvos Tarybos nariais pasirašė Nepriklausomybės Atkūrimo Aktą ir tą patį vakarą vieną šio dokumento egzempliorių nuvežė į Kauną, kurį įteikė Vokietijos Rytų fronto Vyriausiojo karo vado administracijai.

1. S. Šaulys buvo vienas iš penkių Nepriklausomybės Akto signatarų, tęsusių politinę veiklą ir parlamente: 1920 m. buvo išrinktas į Steigiamąjį Seimą. Lietuvos dvasininkas ir politikas, žemės ūkio ministras, prelatas Mykolas Krupavičius pabrėžė keletą svarbių K. S. Šaulio parlamentinės veiklos ypatybių, stiprų moralinį autoritetą: „Šaulys, kaip Steigiamojo Seimo narys, man ypatingai buvo brangus ne tik dėl to, kad buvo vienas stipriųjų frakcijos narių, kad visur galima buvo drąsiai jį statyti – nei apvils, nei gėdos nepadarys, nes Seimo nario pareigoms buvo stipriai pasirengęs ir kaip politikas, ir kaip socialinių klausimų bei krikščioniško socialinio mokslo žinovas. Man jis buvo brangus ir dėl to, kad nariai frakcijoje, balsuojant tą ar kitą painesnį klausimą, labai dažnai žiūrėdavo, kaip balsuoja Šaulys.“ (M. Krupavičiaus laiškas Z. Ivinskiui, 1951 m.).

       1922 m. vasario 16 d. oficialiai įkurtas Lietuvos universitetas, K. S. Šaulys buvo pakviestas vadovauti Teologijos-filosofijos fakulteto Bažnytinės teisės katedrai ir dėstyti studentams. 1922–1934 m. priklausė Lietuvos krikščionių demokratų partijos Centro komitetui, buvo Raudonojo Kryžiaus draugijos vyriausiosios valdybos narys, dirbo Valstybinėje archeologijos komisijoje. 1926 m. popiežiui įsteigus atskirą Lietuvos bažnytinę provinciją, K. S. Šaulys tapo Kauno arkivyskupijos generaliniu vikaru – dešiniąja arkivyskupo J. Skvirecko ranka, šias pareigas ėjo iki pat 1944 metų. Neretai tarpininkaudavo tarp Bažnyčios ir vyriausybės.

       Sunku įsivaizduoti žmogų, kuriuo didžiuojamės ir darbus aukštiname, tačiau prisiminti jau tenka retam. Prelato M. Krupavičiaus vaizdingas aprašymas suteikia galimybę bent pamėginti įsivaizduoti, kokia kilni ir didi asmenybė buvo Kazimieras Steponas Šaulys:
„Išviršinė Šaulio išvaizda – lieknas, tiesus, kaip miško pušelė. Galva nešama tiesiai, judesiai laisvi, natūralūs. Šypsena neapleidžia lūpų, net tada, kada jis vienas eina. Veidas ramus ir giedras. Niekad nemačiau susierzinusio ar įsinervinusio. Elegantiškas, žino visas poniškas manieras. Ir salionuose moka laikytis, tarsi būtų rūmuose gimęs. Mėgsta draugiją ir joje jaukiai jaučiasi. Ar su ministeriais kalbės, ar su kaimo ūkininku – Šaulys tas pats. Kalbos netrūksta. Tema vis susiranda. Bet ne plepys. Vyras aukštos inteligencijos, stipriai apsiskaitęs. Gali kalbėti įvairių sričių temomis. Kokia išorė, toks ir vidus. Charakteris lygus, kaip nušlifuotas. Kokia bebūtų atmosfera ir aplinka, Šaulys nepajudinamas. Stovi kaip uola. Seimo audrų metu jis šypsosi lygiai taip pat, kaip gražiausią pavasario dieną. Kai kiti žaibus mėto ir kumštis spaudžia, jis žiūri į visa tai su klaustuku veide – kuriems galams tie nervai ir audros? Jei kada ir jį kas išjudina, susijaudinimą ne betkas pastebės. Ne veidas, bet gal kalba išduos.

       Iš viso – savo vidaus struktūra ir išore – Šaulys daro ne visuomenininko žmogaus įspūdį. O tačiau taip nėra. Jis socialus ne tik salione prie kavutės, bet ir perdėm yra visuomenininkas ir gilus ir nuoseklus demokratas. Vieno dalyko nemėgsta – viešų kalbų. Ir Steigiamajame Seime, kiek prisimenu, kalbėdavo dažniausiai tik kaip referentas. Jis kaip teisininkas dirbo įvairiose komisijose, jam tekdavo komisijos parengta tą ar kitą įstatymo sumanymą Seimo pilnaty referuoti.“ (M. Krupavičiaus laiškas Z. Ivinskiui, 1951 m.).

        II pasaulinio karo metais Kazimieras Steponas Šaulys gyveno Kaune, 1943 m. savo laiške seseriai Onai-Liucijai Šaulaitei ir dukterėčiai Onai Alminauskytei guodėsi, kad negali aplankyti sunkios sveikatos sesers „[…] Labai susirūpinau. Kad sesers sveikata vėl pasilpnėjo. Taip skaudu, kad dabar negaliu atvažiuoti aplankyti. Ir mano sveikatai didelis rizikas leistis į kelionę šio laiko sąlygose. Jūsų laiškas iš Švėkšnos atėjo tik per šešias dienas. Ir važiavimas ir ilgas, ir netikras. Nėra nei vežimo, nei mašinų. Geležinkeliai taip neveža be leidimų, ir eina labai ilgai. Dėl to bijau važiuoti, o taip gailu, kad negaliu pasimatyti. […]“. (K. S. Šaulio laiškas O. Alminauskytei, 1943-02-08. Kopija saugoma Švėkšnos muziejuje, Pg 12798). 1943 m. kovo 16 d. prelato sesuo Ona-Liucija mirė.

1. S. Šaulio apsisprendimas palikti gimtąją šalį įvyko 1944 m. Jau liepos 8 d. prelatas paliko Kauną ir patraukė ne kur kitur, o į savo gimtinę. Padedant giminėms, kariniu sunkvežimiu atvyko į Švėkšną. „Niekada savo amžiuj nebuvau važiavęs tokiame vežime, nors esant tėviškėje buvau seniau pratęs nemažą vargą vargti. Čiagi karo sunkvežimyje: sėdynė atviro sunkvežimio gale, saulė kaitina be mielaširdystės, pasijudinti mažne galima – tiek daiktų ir keliautojų (trys mes ir, regis, 8 kareiviai), o dulkių dulkių. Po pusvalandžio važiavimo nebuvo galima akių atmerkti, o atmerkus nebepažinti, nebeatskirti žmonių veidų ir drabužių.“ (K. S. Šaulio traukimosi iš Lietuvos užrašai, 1944, Signatarų namai).

         Po sesers Onos-Liucijos mirties namas, buvęs Švėkšnoje, atiteko sesers Marijonos dukrai Onai Alminauskytei. Atvykęs į sesers namus susitiko su giminėmis, tačiau čia neapsistojo, nes namuose jau buvo gausu atvykusių giminaičių ir prelatas apsistojo pas kapelioną Petrą Lapelį viloje „Loreta“. „9.VII. 44 vokiškas Lastwagenas atvežė mus (be manes, senoji ir jaunoji Venckauskienė) iš Kauno ligi pat namelio Švėkšnoje prie bažnyčios… Mūsų namas jau buvo pilnas gyventojų ir, be to, dar ten sustojo abidvi Venckauskienės, aš pasinaudojau maloniu vietinės gimn. Kapeliono Kunigo Petro Lapelio kvietimu apsigyventi jo villoje. Jos dar nebuvau matęs. Ta villa pasirodė labai jaukus, ramus ir gerai įrengtas namas su visais čia (kaime) įmanomais įrengimais ir patogumais. Tą laiką (9.VII – 30.VII. 1944) tikrai pasilsėjau ir pasveikau, nežiūrint ano meto rūpesčių ir karo aplinkybių. […]“ (K. S. Šaulio laištas P. Lapeliui, 1949 m.).

        Švėkšnoje beveik mėnesį laiko buvo sprendžiama, ką daryti toliau: K. S. Šaulys ir kiti Švėkšnoje apsistoję asmenys kasdien po kelis kartus susitikdavo pasitarti, pasiklausyti radijo ar naujienų iš atvykusių į Švėkšną. Susitikimai vykdavo grafo Pliaterio dvaro parke, Alminų bute (prelato sesers name), pas kapelioną Lapelį ar pas kleboną prie radijo imtuvo. Buvo nutarta išvykti iš Lietuvos.

         Pirmiausia K. S. Šaulys nuvyko į Vieną (Austrija), po to gyveno Vokietijoje, nuo 1945 m. – Šveicarijoje, Lugano Šv. Brigitos vienuolyne. Buvo aktyvus VLIK, Pasaulio  lietuvių bendruomenės  narys, daug pastangų dėjęs už bendrus lietuvių siekius. Mirė 1964 m. gegužės 9 d. Iš pradžių jis buvo palaidotas Pambio–Noranco kaimelio kapinėse, netoli Lugano. 1968 m. K. S. Šaulio palaikai perkelti į Romos Verano  kapinių popiežiškosios šv. Kazimiero lietuvių kolegijos koplyčią.

         Signataro, prelato, visuomenės ir valstybės veikėjo, profesoriaus Kazimiero Stepono Šaulio atminimas įamžintas 1994 m. gimtinėje, Stemplių kaime, pastačius ąžuolinį stogastulpį (skulptorius V. Stumbras). Valstybiniu mastu, visoje Lietuvoje bendru vienodu žymėjimu buvo pažymėtos visų Vasario 16 akto signatarų gimtinės ir palaidojimų vietos. Taigi, K. S. Šaulio sodyboje, šalia stogastulpio stovi valstybinės reikšmės granite stulpelis, žymintis signataro gimtinės vietą. 1997 m. išleistas Lietuvos pašto ženklas (dailininkas J. Zovė). 2009 m. Stemplių kaime viena gatvė pavadinta Kazimiero Šaulio vardu. Gintauto Bertašiaus Lietuvos garbės konsulo Šveicarijos Tičino kantone rūpesčiu 2011 m. spalio 29 d. brigitiečių ordino svečių namuose buvusiame K. S. Šaulio kambaryje (ir dabar dar vadinamame „monsinjoro kambariu“) Lugane atidengta bronzinė atminimo lenta, kurioje iš prelato nekrologo išlieta epitafija: „Tėvynės ilgesio kankinamas, bet nepraradęs vilties, kad Lietuva vėl prisikels laisvam, nepriklausomam gyvenimui“. Dvasininkui skirta ekspozicija Vilniaus signatarų namuose, Švėkšnos „Saulės“ gimnazijos aktų salė pavadinta Kazimiero Stepono Šaulio vardu.