Pagrindinis Muziejaus veiklos tikslas – kaupti, saugoti, tirti, konservuoti, eksponuoti bei populiarinti (patraukliai perteikti visuomenei) reprezentacines Šilutės rajono ir etnografinio Mažosios Lietuvos regiono dvasines ir materialines vertybes.

Muziejaus veiklos uždaviniai :

• Susieti Šilutės rajono ir etnografinio Mažosios Lietuvos regiono dvasinių ir materialinių vertybių apsaugą su moksliniais tyrimais, visuomenės informavimo, kultūros ir edukacijos poreikiais bei kultūros paslaugų teikimu;
• Ugdyti visuomenės istorinę ir kultūrinę savimonę, puoselėti etnografinio Mažosios Lietuvos regiono kultūros tapatumą bei jį aktualinti.

Muziejus vykdo šias funkcijas:

• Tiria, derina, įgyja, sistemina muziejinę bei istorinę, etnografinę vertę turinčius eksponatus, formuoja ir sistemina sukauptus muziejaus rinkinius, kurie atspindi Šilutės rajono ir etnografinės Mažosios Lietuvos istoriją nuo seniausių laikų iki šių dienų;
• Lietuvos valstybingumo formavimąsi ir tolesnį vystymąsi;
• Užtikrina sukauptų muziejinių vertybių apskaitą, tinkamas saugojimo sąlygas ir apsaugą, jų konservavimą ir restauravimą;
• Sudaro sąlygas Muziejuje saugomų muziejinių vertybių viešam naudojimui: rengia ekspozicijas, parodas, publikuoja rinkinių tyrimų rezultatus, organizuoja su Muziejaus veikla susijusius kultūros ir edukacinius renginius (minėjimus, susitikimus, pristatymus ir kt.) Muziejuje, Lietuvoje ir užsienyje;
• Kaupia informaciją apie muziejines vertybes, atspindinčias Šilutės rajono ir etnografinio Mažosios Lietuvos regiono istoriją, esančias kituose Lietuvos ar užsienio muziejuose, įstaigose bei privačiuose rinkiniuose;
• Kartu su švietimo įstaigomis rengia ir vykdo muziejines moksleivių lavinimo programas, vykdo vaikų ir suaugusių neformalaus švietimo programas;
• Vykdo muziejinių vertybių skaitmeninimą ir jų viešinimą per Lietuvos integralią muziejųinformacinę sistemą (toliau – LIMIS), bendradarbiauja skaitmeninimo projektuose Lietuvoje ir užsienyje;
• Įgyvendina muziejinių vertybių kompiuterizuotos apskaitos programas;
• Bendradarbiauja su savo rūšies muziejuose esančių rinkinių apskaitos, apsaugos ir tyrimo metodiniais centrais;
• Dalyvauja savo  rūšies muziejųdarbuotojų tobulinimosi programose;
• Rengia, leidžia ir platina su Muziejaus veikla susijusius leidinius bei elektronines laikmenas;
• Rengia su Muziejaus veikla susijusią informaciją elektroninėse laikmenose, pristato Muziejaus veiklą interneto svetainėse;
• Rengia, įgyvendina arba dalyvauja įgyvendinant regioninius, tarptautinius, Europos Sąjungos Struktūrinių fondų ir kitų programų projektus;
• Savo veiklos apimtyje bendradarbiauja su giminingais muziejais ir kitomis institucijomis Lietuvoje ir užsienyje;
• Pagal juridinių ir fizinių asmenų prašymus, Muziejaus pasirašytas sutartis teikia muziejinių vertybių skaitmeninius vaizdus;
• Organizuoja tikslines archeologų, istorikų ir etnografų ekspedicijas, pristato rezultatus visuomenei;
• Vykdo mokslinius tyrimus ir muziejinių vertybių restauravimo darbus;
• Formuoja Muziejaus bibliotekos fondus;
• Organizuoja savanorišką veiklą Muziejaus veiklos tikslams pasiekti;
• Atlieka kitas teisės aktuose numatytas funkcijas;
• Įstatymų nustatyta tvarka gali jungtis į asociacijas, kurių paskirtis – įgyvendinti viešuosius interesus, jeigu toks jungimasis neprieštarauja biudžetinės įstaigos steigimo dokumentams ir veiklos tikslams. Asociacijos steigėjai ar nariai pagal įstatymus ar asociacijos steigimo dokumentus negali perleisti asociacijai biudžetinės įstaigos savininko biudžetinei įstaigai perduoto ar biudžetinės įstaigos įgyto turto.

Muziejaus veiklos rūšys pagal Ekonominės veiklos rūšių klasifikatorių fiziniams ir juridiniams asmenims:

• Muziejų veikla- 91.02;
• Knygų periodinių leidinių leidyba ir kita leidybinė veikla-58.19;
• Moksliniai tyrimai ir taikomoji veikla-72;
• Kultūrinis švietimas-85.52;
• Kūrybinė, meninė ir pramogų organizavimo veikla-90.0;
• Bibliotekų, archyvų, muziejų ir kita kultūrinė veikla-91.0;
• Suvenyrų, meno dirbinių ir religinių reikmenų specializuota mažmeninė prekyba – 47.78.10;
• Nuosavo arba nuomojamo nekilnojamo turto nuoma ir eksploatavimas-68.20;
• Kitų išankstinio užsakymo ir susijusių paslaugų veikla-79.90;
• Švietimui būdingų paslaugų veikla 85.60;
• Niekur kitur nepriskirtų narystės organizacijų veikla-94.99;
• Ekskursijų organizatorių veikla-79.12;
• Kita pramogų ir laisvalaikio organizavimo veikla-93.29;
• Fotokopijavimo, dokumentų rengimo ir kita specializuota įstaigai būdingų paslaugų 82.19.